Католическая церковь ответила на еретическое движение самыми свирепыми репрессиями. Крестовые походы против еретиков были только одним из многих методов борьбы панства против ересей. Громадное значение в борьбе с еретиками получила ин- квизиция. Инквизицией (от латинского слова inguisitio — расследование) назывался специальный церковный суд, организованный для искоренения еретиков. Суд инквизиции был тайным, основанным на показаниях доносчиков (обычно анонимных), сопровождался жесточайшими пытками и заканчивался чаще всего смертью (сожжением) обвиняемых и конфискацией их имущества. Сожжения еретиков получали массовый характер. Самая казнь их превращалась в своеобразное религиозное публичное «празднество» (аутодафе в Испании и др.). Светская феодальная власть оказывала обычно полное содействие инквизиции, руководствуясь, в частности, расчетом на получение львиной доли имущества осужденных еретиков.

Уже при Иннокентии III дело инквизиции целиком было передано в руки нового монашеского Ордена доминиканцев или «братьев-проповедников», основанного (1207—1208) испанским дворянином Гусманом Домиником, специально для борьбы с еретиками. Другой монашеский Орден францисканцев, появившийся тоже при Иннокентии III, был основан около того же времени (1209—1210) итальянцем Франциском Ассизским. Целью этого «нищенствующего ордена» было отвлечь от ереси городскую бедноту. Францисканцы должны были одеваться в грубую одежду, опоясываться веревкой и так далее. В дальнейшем довольно скоро и Орден францисканцев приобрел значительное имущество. Рекламируемая церковью «бедность» ордена была, таким образом, временной и относительной и на деле обнаруживала лишь грубую демагогию папства в отношении трудовых масс.